Resposta rápida
Sim. O STF fixou no Tema 1108 que a redução do percentual de crédito do Reintegra, assim como a revogação do benefício, majora indiretamente PIS e COFINS e por isso deve respeitar a anterioridade nonagesimal do art. 195, § 6º, da Constituição. Não se aplica, porém, a anterioridade geral de exercício.
Por que a noventena se aplica
O Reintegra devolve ao exportador parte de resíduos tributários por meio de crédito. Quando o governo reduz o percentual desse crédito ou revoga o benefício, o efeito prático é aumentar a carga de PIS e COFINS suportada pelo contribuinte, ainda que de forma indireta.
Como essas contribuições se submetem à regra do art. 195, § 6º, da Constituição, a majoração indireta também deve aguardar noventa dias para produzir efeitos. É a lógica de proteger o contribuinte contra aumentos de carga tributária com vigência imediata.
O limite da tese: só a noventena
A tese é expressa ao afastar a anterioridade geral ou de exercício (art. 150, III, b). Ou seja, a redução do crédito do Reintegra não precisa esperar o ano seguinte para valer: basta o intervalo de noventa dias entre a publicação do ato e o início de sua vigência.
Na prática, decretos que reduziram o percentual do Reintegra com eficácia imediata podem ser questionados quanto ao período dos noventa dias, e os tribunais examinam caso a caso os efeitos financeiros desse intervalo para cada exportador.
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