Resposta rápida
Não. O STJ entende que a prescrição intercorrente do art. 1º, § 1º, da Lei 9.873/1999 só se aplica aos processos sancionatórios da administração pública federal. Nos âmbitos estadual e municipal, na ausência de lei específica, incide o Decreto 20.910/1932, que inclusive prevê a suspensão do prazo durante o processo administrativo.
Por que a Lei 9.873/1999 não alcança Estados e Municípios
A Lei 9.873/1999 disciplina a prescrição da pretensão punitiva no exercício do poder de polícia federal, e é nesse âmbito que se insere a regra da prescrição intercorrente de três anos para processos paralisados. O STJ afasta a extensão dessa regra a órgãos estaduais e municipais, que não estão sob o alcance da norma.
Quando o ente estadual ou municipal não possui lei própria sobre o tema, aplica-se a regra geral do Decreto 20.910/1932. No caso julgado, prevaleceu o art. 4º desse decreto, segundo o qual o prazo prescricional fica suspenso enquanto tramita o processo administrativo sancionatório.
O que isso significa na prática
A demora do processo administrativo estadual ou municipal, por si só, não gera prescrição intercorrente com base na Lei 9.873/1999. A defesa que invoca esse fundamento tende a ser rejeitada quando não há lei local específica prevendo a figura.
Cada caso exige verificar se o Estado ou Município editou norma própria sobre prescrição administrativa, pois a existência de lei específica altera o regime aplicável. Os tribunais examinam essa moldura normativa caso a caso.
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