Resposta rápida
Em regra, pela Justiça comum. Conforme entendimento destacado no Informativo 1741 do STF, a representação comercial autônoma é contrato típico de natureza comercial, regido pela Lei 4.886/65, exercido por pessoa física ou jurídica sem relação de emprego. Sendo relação comercial, e não trabalhista, a controvérsia não se enquadra na competência da Justiça do Trabalho.
Por que a relação é comercial e não trabalhista
O ponto central do entendimento é a natureza do vínculo. A Lei 4.886/65 disciplina a representação comercial autônoma como contrato típico de natureza comercial, no qual o representante, pessoa física ou jurídica, faz a mediação para a realização de negócios mercantis por conta de uma ou mais pessoas, em caráter não eventual.
A própria lei prevê que essa atividade é desempenhada sem relação de emprego. É essa ausência de vínculo empregatício, expressamente prevista no regime legal da representação comercial, que afasta a natureza trabalhista da relação e atrai o regime próprio do contrato comercial.
O que isso significa na prática
Quando a relação entre as partes corresponde de fato ao modelo legal da representação comercial autônoma, as disputas sobre o contrato (comissões, indenização, rescisão) tramitam na Justiça comum, e não na Justiça do Trabalho.
Isso não impede que, em situações concretas, se discuta se havia representação autônoma verdadeira ou relação de emprego disfarçada. Os tribunais examinam caso a caso os elementos fáticos do vínculo, e a definição da Justiça competente depende dessa qualificação.
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