Resposta rápida
Sim, em regra. A Súmula 511 do STF atribui à Justiça Federal, em ambas as instâncias, a competência para processar e julgar as causas entre autarquias federais e entidades públicas locais, inclusive mandados de segurança. A própria súmula ressalva a ação fiscal, nos termos da Constituição de 1967 que lhe serviu de base.
Alcance da regra de competência
A presença de autarquia federal em um dos polos atrai a competência da Justiça Federal mesmo quando a parte contrária é entidade pública local, como Estado ou Município. A súmula deixa claro que a regra vale em ambas as instâncias e alcança inclusive os mandados de segurança entre esses entes.
Há uma exceção expressa no próprio enunciado: a ação fiscal, ressalvada nos termos do art. 119, § 3º, da Constituição Federal de 1967. Como o verbete se apoia em texto constitucional anterior, sua leitura atual deve considerar o regime de competências da Constituição vigente.
O que isso significa na prática
Em litígios que envolvam autarquia federal contra Estado, Município ou suas entidades, o caminho natural é a Justiça Federal, e a propositura na Justiça Estadual tende a gerar incompetência. A definição exata do juízo, porém, depende das partes e da natureza da causa, que os tribunais examinam caso a caso.
As decisões listadas abaixo mostram como a regra de competência vem sendo aplicada.
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