Resposta rápida
Em regra, não. Conforme entendimento divulgado em informativo do STJ, as decisões proferidas pelo próprio STJ em recurso contra o acórdão confirmatório da pronúncia não se enquadram no art. 117, III, do Código Penal e, portanto, não interrompem a prescrição. A exceção é a decisão que restabelece a pronúncia após despronúncia pelo tribunal local.
Por que a decisão do STJ não interrompe
As causas interruptivas da prescrição do art. 117 do Código Penal devem ser interpretadas restritivamente e guardam relação com a formação da culpa nas instâncias ordinárias (primeiro e segundo graus). Admitir que cada decisão posterior à pronúncia reiniciasse o prazo desvirtuaria a sistemática legal.
Além disso, a pronúncia confirmada pelo Tribunal de Justiça já autoriza o julgamento pelo júri, pois os recursos especial e extraordinário não têm efeito suspensivo. Não há, tecnicamente, nova confirmação da pronúncia no julgamento desses recursos pelas instâncias extraordinárias.
A exceção e os limites do entendimento
O único pronunciamento do STJ que funciona como marco interruptivo é o que restabelece a pronúncia quando o réu havia sido despronunciado pela Corte local, porque só a partir dessa decisão o julgamento pelo júri se torna possível.
O entendimento também não se confunde com a hipótese do art. 116 do CP, que prevê causa suspensiva da prescrição durante a pendência de recursos inadmissíveis aos Tribunais Superiores. Interrupção e suspensão são institutos distintos, e a análise dos marcos temporais é feita caso a caso.
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