Resposta rápida
Não. Para o STJ, em entendimento divulgado em informativo, o princípio da intranscendência da pena (art. 5º, XLV, da Constituição) também vale para pessoas jurídicas: extinta legalmente a empresa incorporada, sem indício de fraude, aplica-se por analogia o art. 107, I, do Código Penal e extingue-se a punibilidade, não respondendo a incorporadora pelo crime ambiental.
Por que a pena não se transfere na incorporação
Na incorporação, a sucessora assume direitos e obrigações da incorporada, nos limites dos arts. 1.116 do Código Civil e 227 da Lei 6.404/1976. Obrigações patrimoniais derivadas do ilícito, como a reparação do dano ambiental nas esferas cível e administrativa e a indenização a terceiros, podem ser redirecionadas à incorporadora.
A pretensão punitiva penal, porém, não é uma obrigação: tem fonte, estrutura e consequências distintas, e não se enquadra na transmissibilidade prevista para a sucessão empresarial. Mesmo que algumas sanções da Lei 9.605/1998 se pareçam com obrigações de dar ou fazer, sanção criminal não se equipara a obrigação civil.
Intranscendência e extinção da punibilidade
O STJ afastou a tese de que a pessoalidade da pena valeria só para pessoas físicas: o princípio da intranscendência aplica-se também às pessoas jurídicas. Extinta a incorporada de forma regular, a situação equivale, por analogia, à morte do agente (art. 107, I, do CP), com extinção da punibilidade.
O limite importante é a ausência de fraude: a solução pressupõe que a incorporação foi legítima, sem indício de que a operação tenha sido usada para escapar da responsabilização. Havendo suspeita de manobra fraudulenta, o desfecho pode ser diferente, o que os tribunais examinam caso a caso. As obrigações de reparar o dano ambiental, de todo modo, continuam exigíveis da incorporadora nas esferas cível e administrativa.
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