Controle externo e controle interno não se confundem
A Constituição estrutura dois sistemas de fiscalização: o controle externo, exercido pelo Legislativo com auxílio do Tribunal de Contas (art. 70), e o controle interno, mantido por cada Poder dentro da própria estrutura (art. 74). O sistema interno deve apoiar o controle externo (art. 74, IV), mas permanece subordinado ao Poder a que pertence.
Ao autorizar o Tribunal de Contas a determinar auditorias diretamente sobre os órgãos de controle interno de cada Poder, a norma estadual invertia essa lógica e criava ingerência de um órgão de controle externo na organização interna dos demais Poderes, em ofensa ao art. 2º da Constituição.
O que isso significa na prática
O Tribunal de Contas estadual fiscaliza a gestão dos recursos públicos e conta com o apoio dos controles internos, mas não pode comandá-los nem impor-lhes auditorias como se fossem seus subordinados.
Normas locais que ampliem as competências das Cortes de Contas para além do desenho constitucional tendem a ser invalidadas, e cada atribuição criada por lei estadual é examinada à luz da separação de Poderes.
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