Resposta rápida
Sim, mas apenas se as rubricas existirem no débito. Conforme o Tema 487 do STJ, a remissão ou anistia de multa, juros de mora e encargo legal incide sobre o crédito suspenso por depósito judicial somente quando essas parcelas efetivamente compõem, como saldos devedores, o crédito tributário em discussão.
O depósito não afasta o benefício, mas a composição importa
O fato de o débito estar com a exigibilidade suspensa por depósito judicial não impede, por si só, a aplicação de anistia ou remissão sobre multa, juros e encargos. O que a tese condiciona é a existência real dessas rubricas dentro da composição do crédito tributário: o benefício só reduz o que efetivamente existe como saldo devedor.
Se o crédito discutido é formado apenas por principal, por exemplo, não há multa ou juros a anistiar, e o benefício não gera qualquer abatimento.
Como isso se resolve na prática
A aplicação exige uma análise contábil do débito garantido pelo depósito, identificando quais parcelas correspondem a principal e quais correspondem às rubricas beneficiadas pela lei de anistia. Só a partir dessa decomposição é possível calcular o efeito do benefício sobre os valores depositados.
Essa verificação é feita caso a caso, e os tribunais examinam a composição de cada crédito antes de definir o alcance da redução.
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