Resposta rápida
Pela Justiça Federal. A Súmula 122 do STJ estabelece que, havendo conexão entre crimes de competência federal e estadual, o processo e o julgamento de todos eles ficam unificados na Justiça Federal, afastando a regra do art. 78, II, "a", do Código de Processo Penal, que resolveria o conflito pela gravidade da pena.
Por que a Justiça Federal atrai os crimes conexos
Quando um crime federal e um crime estadual estão ligados por conexão, seria possível imaginar que o critério do Código de Processo Penal, baseado na infração de pena mais grave, definisse o juízo competente. A súmula afasta expressamente esse critério: a competência da Justiça Federal, por ter assento constitucional, prevalece e atrai o julgamento conjunto.
O resultado prático é que o juiz federal passa a processar e julgar também o crime que, isoladamente, seria da Justiça Estadual. A unificação evita decisões contraditórias sobre fatos interligados e concentra a instrução em um único juízo.
O que isso significa na prática
A defesa e a acusação devem verificar, logo no início da persecução, se há conexão entre as infrações, pois o processamento do crime estadual por juiz estadual, nessa hipótese, pode gerar nulidade por incompetência. A existência ou não de conexão no caso concreto é examinada pelos tribunais caso a caso, à luz das circunstâncias de cada investigação.
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