Resposta rápida
Em regra, todas. A Súmula 646 do STJ estabelece que a natureza da verba trabalhista é irrelevante para a incidência do FGTS: só ficam fora da base de cálculo as verbas expressamente listadas em lei, no rol taxativo do art. 28, § 9º, da Lei 8.212/1991, por força do art. 15, § 6º, da Lei 8.036/1990.
A lógica da súmula
Discutia-se se verbas de natureza indenizatória escapariam da contribuição ao FGTS, como ocorre em outras discussões tributárias. O STJ afastou esse critério: para o FGTS, não importa se a verba é salarial ou indenizatória. O que define a exclusão é apenas a previsão legal expressa.
O rol de exclusões é taxativo, ou seja, fechado. Se a parcela paga ao empregado não está entre as verbas listadas no art. 28, § 9º, da Lei 8.212/1991, ela integra a base de cálculo do FGTS, independentemente do rótulo ou da natureza jurídica que se atribua ao pagamento.
O que isso significa na prática
Empregadores não podem deixar de recolher FGTS sobre determinada parcela apenas sob o argumento de que ela tem caráter indenizatório. Para excluir uma verba da base, é preciso apontar sua previsão específica no rol legal de exclusões.
A verificação de cada parcela concreta, se está ou não contemplada no rol taxativo, é feita caso a caso, e os tribunais examinam o enquadramento da verba na lista legal.
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