Resposta rápida
Não necessariamente. Segundo entendimento do STJ, a competência cível da Justiça Federal em ações de improbidade é definida pela presença de ente federal (art. 109, I, da Constituição) na relação processual, e não pela natureza federal da verba fiscalizada pelo TCU. Sem ente federal no processo, a competência é da Justiça Estadual.
A mitigação das Súmulas 208 e 209 do STJ
As Súmulas 208 e 209 do STJ, que distribuem a competência conforme a verba esteja sujeita a prestação de contas perante órgão federal ou tenha sido incorporada ao patrimônio municipal, nasceram na Terceira Seção para matéria penal, em que basta o interesse da União para atrair a Justiça Federal. Em matéria cível, o STJ passou a fazer a distinção: a regra aplicável é a do art. 109, I, da Constituição.
Esse dispositivo fixa competência absoluta em razão da pessoa: a Justiça Federal julga as causas em que União, autarquia ou empresa pública federal figure como autora, ré, assistente ou oponente. O critério é objetivo e independe da matéria discutida ou da origem da verba.
Como fica o caso da ação ajuizada pelo município
Quando o próprio município ajuíza a ação de improbidade por irregularidades em verbas de convênio federal e nenhum ente federal integra a lide, a competência é da Justiça Estadual. O simples fato de os valores estarem sujeitos à fiscalização do Tribunal de Contas da União não desloca a competência, como já reconheceu também o STF.
A situação muda se houver manifestação de interesse jurídico de ente federal, como a União ou o Ministério Público Federal, regularmente reconhecida pelo juízo federal: nesse caso, a causa vai para a Justiça Federal. Em regra, portanto, a definição depende da composição concreta dos polos do processo, examinada caso a caso.
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